氨基酸分析仪(Amino Acid Analyzers, AAA)可以成功地分离和定量氨基酸，虽然其分离和定量效果依仪器不同有所差别，但各仪器氨基酸的分析过程类似，均包括水解、标记、分离和检测以及随后的数据分析几步。

　　传统的方法是将蛋白质裂解后用于氨基酸分析，即首先让蛋白质或多肽在真空或惰性气体条件先进行水解。接着将样本用梯度缓冲溶液进行洗提，之后使样本通过树脂填充的离子交换柱。水合茚酸三酮试剂用于将主要的氨基酸变成浅蓝色并且将次氨基酸变成棕黄色。

　　氨基酸检测这项自动化技术所产生的各项技术，已经对动物饲料营养分析、药物质量控制和氨基酸缺乏病症检测领域的研究产生了一定影响，该技术的发明者是1958年获得诺贝尔奖获的斯坦福·穆尔(Stanford Moore)和威廉·斯坦(William Stein)。

　　氨基酸分析仪用于食品工业中的高生产标准的控制。比如通过检测果汁中特定氨基酸的浓度，科学家不仅能够确定原始水果和水果加工的过程和条件，还能够确定水果生长的气候和榨汁时的成熟程度。

　　在乳制品工业中，氨基酸分析仪可以检测是否存在不希望含有的蛋白质混合物，因此还可以鉴定批量牛奶的纯度和新鲜程度。一套全氨基酸分析方法还可以确保产品的安全性，比如对那些易受污染的产品，或那些消费者要求高度可靠性的产品(如婴儿配方食品)。

　　过去几年中，氨基酸分析仪的市场增长逐渐趋于缓慢，这是由于替代检测方法的竞争增长，如毛细管电泳和质谱，通过替代原有系统和在食品和饮料工业的强势增长来驱动，氨基酸分析仪的市场需求将预期扩大。